16.-18. století
Z roku 1503 se zachoval nejstarší soupis obyvatel Husince – žilo zde tehdy 61 usedlých rodin, z nichž byli 4 mlynáři, 1 kovář, 1 koželuh, 1 sládek a 1 tkadlec (originál této listiny je uložen ve Státním archivu v Českém Krumlově). V 16. století též začíná velmi dlouhá tradice proslulých dobytčích trhů. Roku 1557 je poprvé připomínána dvanáctičlenná městská rada.
Z roku 1587 se nám zachovala městská pečeť. Je na ní sv. Mikuláš plující na loďce; pravicí utišuje rozbouřenou vodní hladinu a v levici drží biskupskou berlu. Svatý Mikuláš byl patronem plavců a jeho kult souvisel i se solným obchodem na staré vodní solné cestě z Halle. Podle katolických tradic byl Husinec symbolicky svěřen pod ochranu sv. Mikuláše, aby jej chránil před nebezpečím vodních přívalů – řeka Blanice se na jaře často rozvodňovala a zaplavovala území od Záblatí až po Vodňany.
Rozvoj města v té době souvisel s existencí jedné z odboček důležité obchodní cesty – Zlaté stezky.
Po ní se dovážela na soumarech hlavně sůl, ale také drahá sukna, hedvábí, víno, mořské ryby, jižní ovoce, zámořské koření, železo a zbraně.
Při zpáteční cestě odváželi soumaři různé druhy obilí, slad, chmel, pivo, proslulou prachatickou kořalku ( do 16.století ), máslo a další zemědělské produkty a řemeslnické výrobky. Nechybělo ani české sklo.
Obchod po Zlaté stezce prožil dvě hlavní období svého rozkvětu: První začalo v době působení pasovského biskupa Otty z Londsdorfu ( 1254 – 1265 ) a trvalo do husitských válek., druhé období začalo počátkem 16.století a trvalo do zániku solního obchodu v Prachaticích počátkem 18.století. (Zlatou stezku nyní kopíruje cyklotrasa označená v roce 1998.)
V roce 1601 prodal Petr Vok Husinec, jako součást vimperského panství, Volfovi Novohradskému z Kolovrat. V roce 1630 pak panství koupil Oldřich z Eggenberku.
V roce 1611 přišel Husinec v ochranu pana Joachyma Novohradského z Kolovrat, jenž se ujal spojeného panství Vimpersko-Drslavického. Poté kraj trpěl při třicetileté válce – např.v roce 1620 byly generálem Buquoyem dobyty Prachatice. Po bitvě na Bílé Hoře řada občanů Husince opustila zemi pro svou kalvínskou víru a úctu k Janu Husovi.
Další dochovaný soupis obyvatel Husince je z roku 1651. Žilo zde 178 osob. Záznam obsahuje i skladbu řemeslníků obce : 7 koželuhů, 7 krejčích, 4 tkalci, 4 hrnčíři, 3 řezníci, 3 ševci, 1 barvíř, 1 kožešník, 1 mlynář, 1 pekař, 1 tesař, 1 truhlář. V této době zde vznikají také první cechy.
Anna Marie, kněžna z Eggenberka, husineckým dne 22. března 1655 vydala poslední privilegia –spojená panství Vimperské a Drslavické připadla knížecí rodině Schwarzenberské, pod jejíž ochranou městys Husinec setrval až do roku 1848, kdy císařským patentem od 7. září roku 1848 právo poddanské a ochranné bylo vyzdviženo (aufgehoben) a Husinec se stal samostatným městysem.
Tak jako v mnoha jiných případech i jeho tvář a vývoj ovlivnily požáry – největší byly v letech 1654, 1691, 1759, 1765, 1776 a 1802. V roce 1763 žilo ve městě 635 obyvatel.
